1979年1月2日上午，中共中央办公厅发出“关于南京农学院复校问题”的电报指示，正式批准南京农学院复校。当时，原南农的教师们欢欣鼓舞，毕竟这一刻来得太不容易了。

为了学校复校，原南农的师生们一直在做不懈的努力。早在1974年，要求南农复校的呼声就已经开始，当时30多名师生，由干部带领到江苏省教育局正式提出，但未得到答复。粉碎“四人帮”后，广大干部、教师，特别是一些德高望重的老教授多次呼吁要求复校，给中共中央、国务院以及国家教育部、农林部和中共江苏省委写信，并有200多名干部、教师签名支持，但仍没有得到同意。直到1978年12月，党的十一届三中全会召开，在中央有关部门，特别是农林部有关司局领导以及金善宝、张维城、刘锡庚、朱启銮等在京、在宁原南京农学院老领导的积极支持下，中共中央终于在1979年1月做出了恢复南京农学院的决定，并由中共中央办公厅用加急电报发给中期王苏省委、农林部党组。

中共中央办公厅发出电报9天后，中共农林部党组、中共江苏省委联合发布了“贯彻中共中央关于南京农学院复校问题的实施意见”，决定成立领导小组，曲胡宏为组长，何康、臧成耀、郑康为副组长。领导小组的建立，加快了南农的复校进程。学校内部也成立了南京农学院复校筹备小组，由陈西光、刘程九等组成。学校的搬迁是一个很大的工程，和7年前下放到扬州一样，迂回南京也是分几批次，农学系是第二批。在正式出发的前一天晚上，师生们的喜悦达到了高潮。到1979年4月之前，南京农学院搬迁工作完成，原有教师、学生绝大部分均已回到南京，共计教师483人，大学生800人，研究生38人。至此，南京农学院下放扬州的历史正式结束！

南农复校后，师生们回到阔别已久的南京卫岗校本部原址，不过，当时的情景仍相当令人心酸。学校当初遗留下来的房屋已被五个单位占用，其中江苏省委党校、江苏省地震局所占地盘最大；当时学校的许多实验设备遗失或损坏，图书资料亦损失较多。学校组织专人多方面斡旋协商，省委党校率先于1979年6月让出占据的食堂和宿舍，总算稍稍缓解了住房压力，但相对于1300多人的师生来说，仍然是杯水车薪。直到1983年，714厂卫星地面站、地质勘探所才陆续归还所占教2楼主体部分和汽车房，江苏省地震局更是到1986年才按协议让出部分土地和房屋，但在此之前，学生、老师需要有教室上课，要有食堂吃饭，还要有宿舍睡觉，这些一刻都不能耽误。这种情况下，不少教师一家三代只得在三间房子内“过渡”，十分拥挤，更多的教职工则是住在临时草棚、地震棚，更是简陋。刘大钧的家因原就在南京，因此其居住情况要稍好一些。