1951年何祚庥从清华大学物理系毕业后，在中国共产党中央委员会宣传部理论教育处担任干事；1956年进入中国核工业部的原子能研究所工作；1958年前往苏联莫斯科核子研究所进行学习和研究；1960年回国，并参与氢弹的轻核理论组，担任共产党总支部委员，先后在中国科学院原子能研究所，二机部九院，中国科学院高能物理研究所，理论物理研究所，任助理研究员、研究员、副所长等职务；1980年当选为中国科学院学部委员(院士)。