青蒿素的结构确定之后，五二三领导小组就开始统筹规划青蒿素类药物的研发工作，以提高青蒿素类药物的疗效。20世纪中国研发了多个青蒿素衍生物以及青蒿素栓剂，这些研究已跨越了五二三任务、青蒿素指导委员会时期，至今依然在不断研发中。
蒿甲醚的研制
从1975年开始，各种青蒿素制剂的临床试验在全国各疟区展开。大量临床资料证明青蒿素对疟疾具有速效、低毒的特点，尤为突出的是它对抗药性恶性疟有特效。恶性疟病人口服青蒿素片剂（3天总剂量5克）近期疗效可达90%，但30天内的复发率高达50%左右，而青蒿素油混悬和水混悬注射剂的月复燃率仅为10%左右，但因注射剂液放置期间青素颗粒不断长大，以至无法再用于注射。为解决青蒿素生物利用度低、复燃率高、因溶解度小而难以制成注射剂液用于抢救严重病人的问题，全国五二三办公室根据当时各承担五二三抗疟药研究任务位单正在研究的工作，技术设备和研究技术力量的实际情况，1976年2月将青蒿素结构改造的任务下达给中国科学院上海药物研究所，要求寻找疗效更高、溶解度更大、复燃率不超过10%的青蒿素类抗疟药。上海药物所接受任务后，将合成化学室、植物化学室、药理室的五二三研究小组做了具体分工。合成组负责青蒿素结构小改造（李良泉，李英负责）；植化组负责青蒿素结构大改造和代谢研究（陈仲良负责）；药理组负责结构改造化合物的动物筛选（瞿志强负责）。合成组在已有的青蒿素化学反应研究的基础上，开展了化学结构和抗疟活性关系的研究。发现青蒿素中的过氧基团是抗疟活性的必需基团，从而解开了青蒿素抗疟作用的“密码”；他们还发现双氢青蒿素的效价比青蒿素高1倍。由于双氢青蒿素的分子中存在半缩醛的结构，性质不够稳定，而且溶解度也未见改善，因此，合成组李英等又从双氢青蒿素出发合成了它的醚类、羧酸酯类和碳酸酯类衍生物。经药理组顾浩明等通过鼠疟（抗氯喹虫株）的动物试验，测定它们的SD90（抑制90%的疟原虫所需剂量），发现几十个衍生物的抗疟活性几乎都高于青蒿素，比如当时他们做的青蒿素的SD90为6.20mg/kg，还原青蒿素为3.65mg/kg，SM224为1.02mg/kg。由于SM224（后命名为蒿甲醚）的油溶性大、性质稳定，抗疟活性是青蒿素的6倍，被选中为重点研究对象。植化组陈仲良等对蒿甲醚的生产工艺进行了研究，发展了用硼氢化钾替代硼氢化钠的一步法工艺。1978年7—9月，在完成药学、药理、制剂等实验研究后（军医科院协助完成毒理研究），全国五二三领导小组批准蒿甲醚在海南岛进行首次临床试验，由广州中医学院五二三临床研究小组负责，上海药物所的研究人员顾浩明、朱大元将临床用药送到海南岛并参加了临床观察。临床试验证明疗效很好，为扩大临床试验，在全国五二三办公室的协调下，云南昆明制药厂（现改为“昆明制药集团股份有限公司”）承担了试制蒿甲醚的任务。1980年初夏，朱大元等到昆明制药厂参与扩大中试，该厂完成蒿甲醚及其油针剂的试产任务，为蒿甲醚大规模临床试验提供了全部用药并以后成为蒿甲醚的生产厂。
1978-1980年，由全国五二三办公室安排，在海南、云南、广西、湖北与河南五省按照统一的临床试验方案，开展蒿甲醚油针剂临床扩大试验。3年中，共收治1088例疟疾病人，其中恶性疟829例（包括脑型疟56例、抗氯喹疟疾99例），间日疟259例。3天总剂量600—640mg，近期治愈率100%，病人在24—48小时内退热、疟原虫转阴，其速度均超过氯喹。追踪临床治愈病人354例，月复燃率为7%。蒿甲醚油针剂肌肉注射能方便、安全地抢救危重病人，受到疟区医生和病人的欢迎。1981年1月20—21日由全国五二三领导小组主持，在上海召开“蒿甲醚治疗疟疾成果鉴定会”，通过了技术鉴定。1985年由云南省卫生厅批准试产试销。
1985年卫生部颁布“新药审评办法”，青蒿素指导委员会组织有关单位按照“新药审评办法”的要求，增加了蒿甲醚的三致（致癌、致畸、致突变）试验，补做了I期临床试验。根据II期临床试验结果，把疗程和剂量调整为五天疗程总剂量480mg。1987年9月中国科学院上海药物研究所和昆明制药厂研制的蒿甲醚及其注射液获得新药证书，编号分别为（87）卫药证字X-13和（87）卫药证字X-14号。
1996年12月，蒿甲醚获国家科委颁发的国家发明三等奖。以后通过国际合作和交流，蒿甲醚被列入了世界卫生组织（WHO）1997年颁布的第9版“基本药物目录”。
青蒿素的结构确定之后，五二三领导小组就开始统筹规划青蒿素类药物的研发工作，以提高青蒿素类药物的疗效。20世纪中国研发了多个青蒿素衍生物以及青蒿素栓剂，这些研究已跨越了五二三任务、青蒿素指导委员会时期，至今依然在不断研发中。
蒿甲醚的研制
从1975年开始，各种青蒿素制剂的临床试验在全国各疟区展开。大量临床资料证明青蒿素对疟疾具有速效、低毒的特点，尤为突出的是它对抗药性恶性疟有特效。恶性疟病人口服青蒿素片剂（3天总剂量5克）近期疗效可达90%，但30天内的复发率高达50%左右，而青蒿素油混悬和水混悬注射剂的月复燃率仅为10%左右，但因注射剂液放置期间青素颗粒不断长大，以至无法再用于注射。为解决青蒿素生物利用度低、复燃率高、因溶解度小而难以制成注射剂液用于抢救严重病人的问题，全国五二三办公室根据当时各承担五二三抗疟药研究任务位单正在研究的工作，技术设备和研究技术力量的实际情况，1976年2月将青蒿素结构改造的任务下达给中国科学院上海药物研究所，要求寻找疗效更高、溶解度更大、复燃率不超过10%的青蒿素类抗疟药。上海药物所接受任务后，将合成化学室、植物化学室、药理室的五二三研究小组做了具体分工。合成组负责青蒿素结构小改造（李良泉，李英负责）；植化组负责青蒿素结构大改造和代谢研究（陈仲良负责）；药理组负责结构改造化合物的动物筛选（瞿志强负责）。合成组在已有的青蒿素化学反应研究的基础上，开展了化学结构和抗疟活性关系的研究。发现青蒿素中的过氧基团是抗疟活性的必需基团，从而解开了青蒿素抗疟作用的“密码”；他们还发现双氢青蒿素的效价比青蒿素高1倍。由于双氢青蒿素的分子中存在半缩醛的结构，性质不够稳定，而且溶解度也未见改善，因此，合成组李英等又从双氢青蒿素出发合成了它的醚类、羧酸酯类和碳酸酯类衍生物。经药理组顾浩明等通过鼠疟（抗氯喹虫株）的动物试验，测定它们的SD90（抑制90%的疟原虫所需剂量），发现几十个衍生物的抗疟活性几乎都高于青蒿素，比如当时他们做的青蒿素的SD90为6.20mg/kg，还原青蒿素为3.65mg/kg，SM224为1.02mg/kg。由于SM224（后命名为蒿甲醚）的油溶性大、性质稳定，抗疟活性是青蒿素的6倍，被选中为重点研究对象。植化组陈仲良等对蒿甲醚的生产工艺进行了研究，发展了用硼氢化钾替代硼氢化钠的一步法工艺。1978年7—9月，在完成药学、药理、制剂等实验研究后（军医科院协助完成毒理研究），全国五二三领导小组批准蒿甲醚在海南岛进行首次临床试验，由广州中医学院五二三临床研究小组负责，上海药物所的研究人员顾浩明、朱大元将临床用药送到海南岛并参加了临床观察。临床试验证明疗效很好，为扩大临床试验，在全国五二三办公室的协调下，云南昆明制药厂（现改为“昆明制药集团股份有限公司”）承担了试制蒿甲醚的任务。1980年初夏，朱大元等到昆明制药厂参与扩大中试，该厂完成蒿甲醚及其油针剂的试产任务，为蒿甲醚大规模临床试验提供了全部用药并以后成为蒿甲醚的生产厂。
1978-1980年，由全国五二三办公室安排，在海南、云南、广西、湖北与河南五省按照统一的临床试验方案，开展蒿甲醚油针剂临床扩大试验。3年中，共收治1088例疟疾病人，其中恶性疟829例（包括脑型疟56例、抗氯喹疟疾99例），间日疟259例。3天总剂量600—640mg，近期治愈率100%，病人在24—48小时内退热、疟原虫转阴，其速度均超过氯喹。追踪临床治愈病人354例，月复燃率为7%。蒿甲醚油针剂肌肉注射能方便、安全地抢救危重病人，受到疟区医生和病人的欢迎。1981年1月20—21日由全国五二三领导小组主持，在上海召开“蒿甲醚治疗疟疾成果鉴定会”，通过了技术鉴定。1985年由云南省卫生厅批准试产试销。
1985年卫生部颁布“新药审评办法”，青蒿素指导委员会组织有关单位按照“新药审评办法”的要求，增加了蒿甲醚的三致（致癌、致畸、致突变）试验，补做了I期临床试验。根据II期临床试验结果，把疗程和剂量调整为五天疗程总剂量480mg。1987年9月中国科学院上海药物研究所和昆明制药厂研制的蒿甲醚及其注射液获得新药证书，编号分别为（87）卫药证字X-13和（87）卫药证字X-14号。
1996年12月，蒿甲醚获国家科委颁发的国家发明三等奖。以后通过国际合作和交流，蒿甲醚被列入了世界卫生组织（WHO）1997年颁布的第9版“基本药物目录”。