2月，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛对学习宣传吴孟超同志先进事迹作出重要指示，强调要大力宣传吴孟超院士的先进事迹和高尚医德，宣传他的爱党爱国爱民情怀。

5月3日，国家科技部举行“吴孟超星”小行星命名仪式，接受小行星命名证书和小行星运行轨道铜牌。

5月10日至20日，中宣部、卫生部、解放军总政治部、解放军总后勤部和上海市委共同主办吴孟超先进事迹报告会，在北京、兰州、重庆、广州、上海及福建等地巡回举行。

7月1日，参加中国共产党建党90周年庆典系列活动，被评为全国优秀共产党员，胡锦涛总书记亲自为他颁发证书。

8月5日，夫人吴佩煜教授逝世。

8月18日，中宣部、教育部、科技部、卫生部、解放军总政治部联合发出《关于开展向吴孟超同志学习活动的决定》。

8月26日至27日在上海国际会议中心隆重举行了“2011东方国际肝胆外科论坛”，有12位中国科学院与工程院院士以及来自国内外的专家代表共700余人参加了这一盛大的学术活动。来自美国、英国以及国内各地肝胆外科著名专家报告了肝胆外科领域的最新进展与成就，并特别举行了院士论坛。吴孟超、黄志强、汤钊猷、刘允怡、顾建人、郝希山、郑树森、王红阳8位院士作了精彩的学术报告，吴孟超院士报告的题目是：中国肝脏外科发展的回顾与展望。

8月31日，第二军医大学为他举办90岁寿辰庆祝活动，当日做了从医68年来第14280台手术。

10月12日，经国家发改委立项，由第二军医大学联合复旦大学、上海交通大学共同申报成立的国家肝癌科学中心在上海市嘉定区安亭镇东方肝胆外科医院新院区开工建设。项目总投资约4亿元，建设周期3年。该中心主要由诊断标志物筛选与分子分型研究室，病原、宿主互作解析实验室，分子网络调控研究室，药靶发现与研发实验室，细胞治疗研究室，循证医学研究室等6个核心平台，以及资源保藏和数据链应用中心、动物中心、中试平台等3个公用辅助研发平台构成……这些软硬件设施将使其建立“培养高水平研究和高层次人才，实现优势资源共享和公共服务平台”的愿望得以实现。

12月26日，由上影集团联合拍摄的故事影片《大医》及纪录片《吴孟超》在沪宣布开机，2012年将把“中国肝胆外科之父”的形象搬上银幕。以吴孟超为原型的电影《大医》，将呈现其坎坷而努力攀登医学高峰的传奇人生。通过表现他心系民众、从医为民的人生故事，和创建肝脏疾病的研究学科为背景，重点表现他与患者之间的动人故事，真实地再现一个凡人走向医之大者的心路历程。纪录片《吴孟超》则从童年寄居马来西亚的生涯开始，追踪其波澜壮阔的一生，给予观众人生意义的启迪和人文关怀的温暖。