1997年
3月,经中国人民解放军总后勤部批准,以个人多年积蓄的30万元和社会各界赠送的400万元为基础,设立“吴孟超肝胆外科医学基金”。这是我国首个在肝胆外科领域的专项基金,每两年评选一次,用于奖励为对肝胆外科作出杰出贡献的优秀人才。
4月,与杨甲梅一起成功为患“肝豆状核变性”的9岁男孩施行肝移植手术。在东方肝胆外科研究所创建“中德合作生物信号转导研究中心”,由王红阳回国任主任,并任东方肝胆外科研究所副所长。
6月,“提高原发性肝癌外科疗效的经验”荣获中国人民解放军总后勤部颁发的军队医疗成果奖一等奖(第一完成人)。
8月31日,新病房大楼举行奠基仪式。该大楼以台湾慈济慈善事业基金会尹衍梁先生捐赠的4000万元为启动资金。
1997、1998、1999、2001、2003、2005年连续获中央、军队保健工作先进个人和保健工作特殊贡献奖。