肖碧莲，祖籍广东省中山市。在鸦片战争之前，中国与外国的商贸往来限于广州一地，广东遂乘地势之利成为全国对外贸易的中心。鸦片战争之后，清政府被迫开放了广州、厦门、福州、宁波、上海为通商口岸。五口之中，上海日盛一日，逐渐成为地区的商业贸易中心。随着北方和东北口岸的开放，上海的地位变得更为重要。相比之下，广州的对外商贸地位则下降不少。自上海成为首要的中西枢纽之后，一些广东的掮客、买办、通事携带家眷仆人来到上海，形成了一个移民的高潮。随后，因家族、宗族、邻里关系等，大家互相帮扶介绍，大量的广东人陆续来沪。20世纪初，肖碧莲的祖父肖凤山带着家人从广东来到上海闯天下，整个家族逐渐在大上海开枝散叶。

1923年10月31日，肖碧莲出生于上海。在她的成长过程中，虽受到家庭变故与抗战爆发的双重影响，但所幸未中断学业。她先后就读于培坤小学、晏摩氏女子中小学、进德女子中小学、工部局女子中学，接受了当时的新式女子教育，为其考入圣约翰大学医学院铺就了道路。

肖碧莲是一位教会学校受洗的基督徒，同时也担任过进步组织上海中学联合会（上海联）工部局女子中学学生会的主席。她学习成绩优异，但这并不意味着“两耳不闻天下事”。1942年高中毕业时，她已成长为一位关心社会疾苦、怀有远大志向的青年。