1998年6月,张光斗到中国工程院向王淀佐、沈国舫副院长正式提交了“中国可持续发展水资源战略研究”项目的立项申请书，两位副院长都表示赞同，并答应将向宋健院长汇报，经宋院长同意后可作为工程院的咨询项目向国务院报告。正式提交的项目申请是由钱正英、张光斗、陈明致、林秉南等人建议的，建议由钱正英和张光斗担任项目负责人，钱正英任组长，张光斗任副组长，项目组成员还包括文伏波、石元春、石玉林、卢良恕、卢耀如、关君蔚、刘昌明、陈明致、林秉南、张宗祜、张蔚榛、胡海涛、钱易、黄秉维、潘家铮、陈志恺和徐乾清，其中陈志恺和徐乾清当时是院外专家，其余都是中国工程院院士。项目拟定于1999年初正式启动，计划在6月召开一次中间成果交流会和学术报告会，8月底之前提出课题报告，2000年6月在院士大会上提出总报告，也以此作为正式完成项目的标志。
“中国可持续发展水资源战略研究”A立项申请书在立项理由中明确指出，影响我国水资源的三个最大的问题是，缺水、水质污染和洪涝灾害。首先，中国是一个水资源紧缺的国家。虽然全国拥有的水资源总量不少，但人均水资源占有量仅为2300立方米，是世界平均水平的四分之一；就与土地的关系来说，亩均占有量只有1400立方米，是世界平均的五分之三。中国水资源在地区分布上极不均匀，约80%以上分布在长江流域及以南地区，这与中国的人口和耕地资源的分布不相匹配，形成了“南方水多、人多、耕地少，北方水少、人多、耕地多”的局面，其中北方有九个省（自治区、市）的人均水资源占有量少于500立方米，常年干旱缺水，这使得中国水的供需矛盾十分突出。就城乡水资源各自的情况来看，中国有许多地方的农村严重缺水，灌溉面积只占耕地总面积的一半左右，即使在灌溉地区，一些地方的水源保证率也很低，每年全国有三亿多亩耕地受旱，这成为中国农业发展的一大障碍。在一些干旱的山区和牧区，水资源尤其匮乏，经济落后，给居民的生活带来了很大困难，甚至有6000多万人和几千万牲畜处于饮水困难的状态。在城市，从20世纪70年代末，水资源短缺的现象开始出现，最初是北方和沿海城市，逐步蔓延到内地，到1995年，全国的620座城市中有320座城市缺水，其中有110多座严重缺水。城市缺水问题包括水源性缺水、设施性缺水、污染性缺水以及用水浪费。水资源的供需矛盾又出现了城乡之间争水、地区之间争水、地下水超采、河流来水衰减、黄河断流等更严重的问题。
在项目申请书中还提到，根据当时的预测，进入21世纪之后，中国的人口将会继续增加，到2030年前后，全国人口将达到16亿高峰，其中城镇人口将占一半左右。要满足这些人口的基本用水需求，还要达到中等发达国家的水平，对水资源的需求量必将大大增加。从当前的世界科学技术发展趋势来看，大力提高水资源的利用效率是最好的解决方法。就中国当前的状况看，也应研究采用各种高新技术和相应的经济政策，通过节约用水、污水处理回收再利用、雨水利用以及海水利用等途径来提高工农业用水效率。立项书指出，如果在充分有效利用当地水资源后还不能满足需要，则需要进行跨流域调水。当时新担任水利部部长的汪恕诚是来自水电工程界的专业人士，对水利工作中存在的问题感觉比较敏锐，他上任后不久就提出要将水利工作从“工程水利转向资源水利”，将水看成一种资源来对待，但是这一重要观念当时没有得到所有水利界同仁的理解，尤其是一部分老同志接受不了。汪恕诚看到张光斗写的这份《“中国可持续发展水资源战略研究”项目申请书》后非常高兴，有志同道合之感。他对张光斗的见识也表示佩服，并发出感叹之言：“张光斗老先生不仅是水利界的权威、工程界的权威，在可持续发展理论方面还有这么深的研究！”
1999年1月18日，钱正英作为组长代表“中国可持续发展水资源战略研究”项目组向当时的温家宝副总理就开展这项研究的意义和基本情况进行了专题汇报。钱正英在汇报中首先指出，该项目是由张光斗建议，集合了中科院和工程院两院部分院士，并邀请了部分院外专家共同进行的咨询项目。经工程院批准，此项目被列为工程院1998—2000年首批重点咨询项目，同时得到了中科院的通力合作和水利部的全力支持。随后，钱正英从项目提出的缘由、项目的组织、工作原则、工作时间和需要的条件五个方面进行了汇报。项目提出的缘由方面，主要围绕水资源问题所面临三大问题（缺水、水质污染和洪涝灾害）的严重性，和中国人口数量大、人口增长快的国情两个方面，结合中央对此问题的重视，以及专家学者的意见，希望该立项能够提出方向性和战略性的建议。项目的组织方面，该项目将成立七个课题组和一个综合组，其中七个课题组分别为：中国水资源现状评价和供需发展趋势分析（由刘昌明院士和陈志恺先生负责）；农业需水及节水高效农业建设（由石玉林和卢良恕两位院士负责）；城市和工业的节水和水质保护及污水处理问题（由钱易和刘昌明两位院士负责）；北方地区水资源的合理配置和南水北调问题（由潘家铮院士和张泽祯先生负责）；江河防洪减灾对策研究（由钱正英院士和徐乾清先生负责）；西北地区及岩溶地区水资源开发利用研究（由张宗祜和卢耀如两位院士负责）；水土保持和林业生态工程建设（由沈国航院士和王礼先教授负责）。并要求在2000年6月院士大会上提出项目的总报告和各课题报告，作为项目结题。钱正英组长汇报之后，张光斗在会议上做了补充发言，再次强调中国水资源十分紧缺，而另一方面洪涝灾害频陈，所以可持续发展水资源十分重要，是国民经济建设的基础，并提出防治洪涝灾害、开源节流解决水资源紧缺问题、以及污水处理是当务之急的三大主要战略措施。温家宝副总理在认真听取钱正英汇报和张光斗的发言之后，表示对该项目非常满意，指示相关部门要给予支持和协助，并同意为项目工作的展开提供充足的资金支持，以免除后顾之忧。至此，项目的立项程序全部完成，研究工作正式全面启动。
1998年6月,张光斗到中国工程院向王淀佐、沈国舫副院长正式提交了“中国可持续发展水资源战略研究”项目的立项申请书，两位副院长都表示赞同，并答应将向宋健院长汇报，经宋院长同意后可作为工程院的咨询项目向国务院报告。正式提交的项目申请是由钱正英、张光斗、陈明致、林秉南等人建议的，建议由钱正英和张光斗担任项目负责人，钱正英任组长，张光斗任副组长，项目组成员还包括文伏波、石元春、石玉林、卢良恕、卢耀如、关君蔚、刘昌明、陈明致、林秉南、张宗祜、张蔚榛、胡海涛、钱易、黄秉维、潘家铮、陈志恺和徐乾清，其中陈志恺和徐乾清当时是院外专家，其余都是中国工程院院士。项目拟定于1999年初正式启动，计划在6月召开一次中间成果交流会和学术报告会，8月底之前提出课题报告，2000年6月在院士大会上提出总报告，也以此作为正式完成项目的标志。
“中国可持续发展水资源战略研究”A立项申请书在立项理由中明确指出，影响我国水资源的三个最大的问题是，缺水、水质污染和洪涝灾害。首先，中国是一个水资源紧缺的国家。虽然全国拥有的水资源总量不少，但人均水资源占有量仅为2300立方米，是世界平均水平的四分之一；就与土地的关系来说，亩均占有量只有1400立方米，是世界平均的五分之三。中国水资源在地区分布上极不均匀，约80%以上分布在长江流域及以南地区，这与中国的人口和耕地资源的分布不相匹配，形成了“南方水多、人多、耕地少，北方水少、人多、耕地多”的局面，其中北方有九个省（自治区、市）的人均水资源占有量少于500立方米，常年干旱缺水，这使得中国水的供需矛盾十分突出。就城乡水资源各自的情况来看，中国有许多地方的农村严重缺水，灌溉面积只占耕地总面积的一半左右，即使在灌溉地区，一些地方的水源保证率也很低，每年全国有三亿多亩耕地受旱，这成为中国农业发展的一大障碍。在一些干旱的山区和牧区，水资源尤其匮乏，经济落后，给居民的生活带来了很大困难，甚至有6000多万人和几千万牲畜处于饮水困难的状态。在城市，从20世纪70年代末，水资源短缺的现象开始出现，最初是北方和沿海城市，逐步蔓延到内地，到1995年，全国的620座城市中有320座城市缺水，其中有110多座严重缺水。城市缺水问题包括水源性缺水、设施性缺水、污染性缺水以及用水浪费。水资源的供需矛盾又出现了城乡之间争水、地区之间争水、地下水超采、河流来水衰减、黄河断流等更严重的问题。
在项目申请书中还提到，根据当时的预测，进入21世纪之后，中国的人口将会继续增加，到2030年前后，全国人口将达到16亿高峰，其中城镇人口将占一半左右。要满足这些人口的基本用水需求，还要达到中等发达国家的水平，对水资源的需求量必将大大增加。从当前的世界科学技术发展趋势来看，大力提高水资源的利用效率是最好的解决方法。就中国当前的状况看，也应研究采用各种高新技术和相应的经济政策，通过节约用水、污水处理回收再利用、雨水利用以及海水利用等途径来提高工农业用水效率。立项书指出，如果在充分有效利用当地水资源后还不能满足需要，则需要进行跨流域调水。当时新担任水利部部长的汪恕诚是来自水电工程界的专业人士，对水利工作中存在的问题感觉比较敏锐，他上任后不久就提出要将水利工作从“工程水利转向资源水利”，将水看成一种资源来对待，但是这一重要观念当时没有得到所有水利界同仁的理解，尤其是一部分老同志接受不了。汪恕诚看到张光斗写的这份《“中国可持续发展水资源战略研究”项目申请书》后非常高兴，有志同道合之感。他对张光斗的见识也表示佩服，并发出感叹之言：“张光斗老先生不仅是水利界的权威、工程界的权威，在可持续发展理论方面还有这么深的研究！”
1999年1月18日，钱正英作为组长代表“中国可持续发展水资源战略研究”项目组向当时的温家宝副总理就开展这项研究的意义和基本情况进行了专题汇报。钱正英在汇报中首先指出，该项目是由张光斗建议，集合了中科院和工程院两院部分院士，并邀请了部分院外专家共同进行的咨询项目。经工程院批准，此项目被列为工程院1998—2000年首批重点咨询项目，同时得到了中科院的通力合作和水利部的全力支持。随后，钱正英从项目提出的缘由、项目的组织、工作原则、工作时间和需要的条件五个方面进行了汇报。项目提出的缘由方面，主要围绕水资源问题所面临三大问题（缺水、水质污染和洪涝灾害）的严重性，和中国人口数量大、人口增长快的国情两个方面，结合中央对此问题的重视，以及专家学者的意见，希望该立项能够提出方向性和战略性的建议。项目的组织方面，该项目将成立七个课题组和一个综合组，其中七个课题组分别为：中国水资源现状评价和供需发展趋势分析（由刘昌明院士和陈志恺先生负责）；农业需水及节水高效农业建设（由石玉林和卢良恕两位院士负责）；城市和工业的节水和水质保护及污水处理问题（由钱易和刘昌明两位院士负责）；北方地区水资源的合理配置和南水北调问题（由潘家铮院士和张泽祯先生负责）；江河防洪减灾对策研究（由钱正英院士和徐乾清先生负责）；西北地区及岩溶地区水资源开发利用研究（由张宗祜和卢耀如两位院士负责）；水土保持和林业生态工程建设（由沈国航院士和王礼先教授负责）。并要求在2000年6月院士大会上提出项目的总报告和各课题报告，作为项目结题。钱正英组长汇报之后，张光斗在会议上做了补充发言，再次强调中国水资源十分紧缺，而另一方面洪涝灾害频陈，所以可持续发展水资源十分重要，是国民经济建设的基础，并提出防治洪涝灾害、开源节流解决水资源紧缺问题、以及污水处理是当务之急的三大主要战略措施。温家宝副总理在认真听取钱正英汇报和张光斗的发言之后，表示对该项目非常满意，指示相关部门要给予支持和协助，并同意为项目工作的展开提供充足的资金支持，以免除后顾之忧。至此，项目的立项程序全部完成，研究工作正式全面启动。