1916年8月5日（农历七月初七），庄巧生出生在福建省福州市闽侯县南屿镇西边旗山南麓五都村的一个农民家庭。因为是农历七月初七生的，所以父亲为其取名“巧生”。庄巧生出生时祖父已去世，父亲庄雪斋远走南洋（今印度尼西亚）谋生，家中只有祖母刘氏与母亲黄梅英一起种田并操持家务。

庄雪斋在南洋打工的人当中属于稍有文化的人，当地不少的华侨子弟学校都缺乏师资，所以他很快就在当地一所华人小学找到一份工作。1920年，庄巧生五岁时，庄雪斋已在南洋初步站住脚跟，于是回来接老母亲与妻儿去南洋居住。一家四口先从福州搭远洋货轮到新加坡，然后换乘小轮船到达当时荷属苏门答腊岛中的一个偏僻小地方叫“利巴酣”（闽南语音译，下同）。这是个人烟稀少的内陆村庄，庄雪斋就在当地华侨自办的一所小学当教员。一家人孤零零地住在离学校不远的当地老百姓常住的茅草顶木板房子里。

过了一段时间，庄雪斋转到当地华侨办的另一所小学——民德小学（实为初小）当校长，全家人又跟着一起搬迁到离海边很近的另一个地方叫“峇眼”，全名为峇眼亚比。来峇眼不久，庄雪斋看好了一处新居，便把一家老小安置在那里，自己由于学校事务多，大部分时间则住在学校里。刚到南洋的利巴酣时，庄巧生就在家门口的小学里跟着读书，可以天天与祖母、母亲住在一起；搬到峇眼后，因为学校离家比较远，多数时候庄巧生都住在父亲的校内宿舍，更便于接受父亲的指导和监督，并顺利读完初小四年级。

1924年年初，庄雪斋就开始考虑全家回福州定居的问题，原因有二：一是民德小学不开高小的课，庄巧生如要继续上学就得去大一点的地方，可是人地生疏，也不了解情况，可能要花费很多钱，负担不起，再说孩子年纪小，到外地上学诸多不便，若是全家都去，大人必须在新的地方找到新工作，这是难上加难，根本不可能；二是老母亲和妻子本来一直生活在福州乡下，不会讲也听不懂厦门话，她们在南洋生活了四年多，整天待在屋内，孤单无助，苦不堪言，母亲刘氏还经常在半夜里做恶梦，可以想象她是多么渴盼早日摆脱这种遭苦难、受洋罪的困境。为了孩子的将来和家人的幸福，庄雪斋反复考虑后觉得还是回福州为好。打定主意以后，庄雪斋把想法与母亲和妻子说了，二人当然赞同，便开始做回家的准备。多年以后，当庄巧生稍微多懂些事情时，觉得父亲的这个抉择是正确的。1920年去南洋时，庄巧生才四岁半，一切都懵懵懂懂的，很多事情都是之后听祖母讲述的；到1924年回国时，庄巧生已八岁多，读完四年初小，对很多事情有了记忆和判断。