汇文中学是一所教会学校，校址在崇文门内船板胡同，离朱尊权在东观音寺胡同的家不远，因此他不用住校，每天骑自行车往返于家和学校之间。整个高中三年的学习生涯，他都在这里度过。小学和初中多次转学，阴差阳错地使朱尊权与小他一岁的四妹朱尊慧成为了同一级的学生。

汇文中学是美国教会较早在北平从事教育的机构之一，可追溯到1871年由基督教会在崇文门内设立教堂时附设的一所蒙学馆。在不断发展过程中，汇文学校的名称多次变迁，教育覆盖范围越来越广，鼎鼎有名的燕京大学便是由汇文大学部与华北协和大学合并而来。

尽管汇文中学属教会学校，但校内仍是传统而保守的氛围。学校几乎没有女学生，在朱尊权到此上学的时候，时任校长的高凤山让女儿到班上就读，成为全班唯一的女生。她与朱尊权同桌一学期，在这整整一学期内，腼腆的朱尊权从未和她说过一句话。

尽管汇文中学并不提倡学生参与政治，但时局的动荡仍不时让正处于青春期的学生们热血沸腾。1935年12月9日，为了反对日本帝国主义和华北自治，北平数千名大中学生在中国共产党的领导下开展了示威游行，掀起了全国抗日救国的高潮。朱尊权并没有参加这次活动，但他心中却暗暗支持游行的学生们。

此时，他的父亲朱绶光仍长期在山西任职，身居高位，兢兢业业地发展着自己的事业，为整个大家庭提供了稳定而充足的经济来源。朱尊权的大哥朱尊民和二哥朱尊谊在高中时期便已同赴德国求学，分别学习造纸和建筑。在朱尊权读高中期间，朱绶光由南京国民政府正式授予陆军中将军衔。他深知自己常年不在孩子们身边，手伸得太长也没有用。因此孩子们的教育问题，除了在他回到北平与孩子们团聚时询问几句，以及在重要的学习阶段为年轻的孩子们提些建议把把关之外，平时都放手交给夫人赵希莲，由她在北平全权负责。这位贤惠的传统女性致力于为孩子们提供良好的教育环境和资源，很少直接干预他们的学习、成长和天性。她关心孩子们的品行修养远过于关注孩子们的学习成绩。正是在这种家庭环境下，朱尊权和兄弟姐妹们得以自由地学习和成长。

也许因为同样是教会学校，汇文中学与山西铭贤学校的教育理念和方式有着诸多相似之处。朱尊权喜欢实用性的教育方法，尤其反对死记硬背，他也从来不用考试成绩的高低作为判断自己学习好坏的标准。一旦认为已经学懂，就将时间用于感兴趣的领域，所以虽然成绩在年级排名不算拔尖，只属靠前，但是他已满足。他认为课余的时间与其放在多做练习以提高考试成绩上，不如用来拓展知识面，多学习一些课外知识。

朱尊权的高中生涯看起来似乎很平静，但在动荡的社会大背景下，仍可觉察暗潮涌动。他刚刚拿到高中毕业证，全国形势就急转直下。1937年7月7日的七七事变震惊了全国，社会各界纷纷抗议日军恶行。身在山西的朱绶光凭借着军人的敏感以及对日本军界的了解，判断出北平局势已相当危急，于是立即向家里发送加急电报一封，要求全家撤离北京，迁往苏州，投靠长子朱尊民。